反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。反恐指挥中心根据T国请求选派“专家”潜入公司。痛失爱子的赵欣主动请缨“退出现役”、深入虎穴。接二连三的恐怖事件，使“新纪元计划”逐渐浮出水面。被病痛折磨的钟原率领乔大鹏、麦萌萌等特战队员绝地出击，在爱妻赵欣和五年前“失踪”的战友陆豪的配合下，成功粉碎了恐怖组织连环阴谋和生化袭击，揭开了江寒以“有益菌”为载体制造病毒的真实面目。 相比《反恐1》，《反恐特战队之猎影》结合政策形势和国际环境，聚焦职业反恐军官，塑造起了一批全新的人物角色，并在现代作战思维和策略上做了非常大的提升，涉及到的军事装备也具有一定的超前性。本着“绝对忠诚、胸怀使命、放眼世界、敢打必胜”的特战精英培养理念，尤小刚把《反恐2》做成了一部“强气质、悬情节、紧节奏”的精品大片。剧中通过血淋淋的战场规则来体现我国的军事思想和作战精神，刻画军人的意志和气质，同时表现了这类特殊人群的命运和情感，显得更真实丰满。”
